O NEPA é gerido por uma Coordenadoria e pelo Conselho Superior que reúne profissionais pertencentes a diferentes Institutos e Faculdades da Unicamp.
Os membros atuais:
| Unidades de Ensino e Pesquisa | Representantes Titulares | Mandato |
| IFCH | Márcio Augusto Damin Custódio | 17/12/2021 à 16/12/2024 |
| FEA | Cinthia Bau Betim Cazarin | 01/10/2023 a 30/09/2026 |
| IMECC | Samara Flamini Kiihl | 01/05/2022 a 30/05/2025 |
| FCA | Caroline Dario Capitani | 01/01/2023 a 31/12/2023 |
| IE | Camila Veneo Campos Fonseca | 01/10/2023 a 30/09/2026 |
| Comunidade Externa | Mark Alexandrow Franchi | 30/03/2021 a 31/03/2024 |
| Comunidade Externa | Gabriela Kaiser Fullin Castanho Cinthia Bau Betim Cazarin | 30/03/2021 a 31/03/2024 |
| Representante Pq | Ana Clara da Fonseca Leitão Duran | 11/06/2023 à 10/06/2026 |
| Representante CSARH | Dag Mendonça Lima | 03/2023 à 02/2025 |